1992年11月成立，1993年9月17日正式開航，主要經營航空客、貨、郵運輸業務。目前，深航共有員工5100多人，擁有32架波音737系列客機和1架空客A320飛機，下設南寧、無錫、廣州3個基地分公司和貨運、廣告、工貿、旅游、配餐5個二級公司，40多個駐外營業部，經營國內、國際航線80多條。 成立13年來，深航始終堅持以安全為基礎、以服務為品牌、以市場為導向、以創新為靈魂、以效益為目標的經營方針，本著“安全第一，正常飛行，優質服務，提高效益”的經營理念，取得了十三年安全飛行、十二年持續盈利、服務工作不斷創新的驕人業績，成為中國民航界資產優良、主業突出、人機比例Zui低、Zui具活力和生機的航空公司。“一小時免費送票”開創民航機票銷售先河；完善電話訂票服務系統“96737”；率先建立“95080”呼叫中心，開通全國統一24小時航空服務熱線，形成國內國際機票查詢預訂、航空貨運服務、城際速遞服務、俱樂部服務、集團服務、酒店訂房、旅游等一整條航空旅游服務體系；成立地面服務部，在機場設立開放式值機柜臺和旅客行李查詢系統；將“性舒適經濟艙”發揚光大，寧愿損失收益，也要給旅客寬敞、經濟的乘機環境；在國內民航首家大力推廣電子客票系統，為旅客出行提供更便捷、快速的服務；在客艙中推出了“機上健身操”、“愛心姐姐”、“鄰家小妹”、“優質服務示范員”等創新服務項目，受到旅客的；首推《顧客服務指南》（“白皮書”），提高航班正點率、提高服務質量。
2005年1月，深航開通了深圳往返吉隆坡的首條國際航線，將航線網絡拓展到國外；3月，深航獲得“2004年度旅客話民航”活動中的兩項大獎；4月，深航與廣州花都政府簽約，開始了第二大生產基地的建設；5月，深航引進首架空客A320飛機；深航開辟“卡車航班”貨運業務，實現了貨物運輸的無縫轉接；來自波音飛機故鄉的華盛頓副州長也在5月做客深航；6月，深航推出了《顧客服務指南》修訂版，在服務的細節化、人性化方面更進一步；同時，啟動ISO9001質量體系認證工作；7月，深航正式通過國際航協的審查，成為IOSA注冊成員航空公司；深航在國內首家購入的全新波音737-900飛機抵深并投入運營，為深航的波音機隊增添了新成員；同時，深航積極參加各種社會公益活動以回報社會，9月中旬，開通了南寧往返香港的國際航線；10月，深航圓滿完成黃金周航班保障工作；深航配餐實驗室正式啟動國家實驗室的認證。